1944年5月11日，日寇逼近嵩县，学校撤离潭头，经庙子、栾川，越摩天岭，过西坪，历时月余，陆续到达淅川县荆紫关。
1944年5月12日，日寇侵占潭头，理学院被焚烧，图书、仪器大部分被毁。
1945年3月，学校迁至陕西宝鸡。
1945年10月底，理学院随学校由宝鸡迁返开封，从此结束了几年的流亡生活。返回开封后，樊映川、孙祥正先后任理学院院长。
1948年7月，河大师生100多人，迁移苏州，理学院迁往苏州后，院部设在顾家祠堂，并以此为中心，开展教学工作。
1949年4月26日，苏州解放，在苏州的部分理学院学生南下参加中国人民解放军。
1949年7月8日，河南省政府派郭海长等人到苏州将理学院等6个学院的1200名师生接回开封。
