Popgen 32软件分析标记HW平衡

时间:2019-11-17浏览:1172设置

1.数据转换

利用Convert软件将基因型文件转换为dat格式

首先,在Excel中按左图所示进行整理。

注意事项

a.1行可随意命名;

b.2行若仅有一个群体,命为“npops=1”,若需分析多

个群体,可npops=2”(实例显示为“2”);

c.3行根据标记数自行调整;

d.5行“pop”和“=”中间需一个空格

数据输入完成后,另存为文本文件(制表符分隔)(*.txt”格式,如“Genotype.txt”。

打开CONVERT.exeFile-Load data file-CONVERT input data file format”,选取文件“Genotype.txt”,输出格式选择“POPGENE(*.dat)

2Popgen 32中标记特征分析

Popgen 32中选“File-Load Data-Co-dominant Marker Data”(所用标记为工显性);

找到转换后的dat文件,打开;

Co-Dominant-Diploid data”弹出对话框中根据所需进行勾选,常用的如下:














弹出对话框,点“是//OK”,结果见右上图。

3 数据导出

可以将分析结果导出为WORD格式

各位点分析的HW平衡P值需手动记录;

有效等位基因数(ne)和观测/期望杂合度(Ho/He)可直接复制于Excel中操作。


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