1.数据转换
利用Convert软件将基因型文件转换为dat格式
首先,在Excel中按左图所示进行整理。
注意事项:
a.第1行可随意命名;
b.第2行若仅有一个群体,命为“npops=1”,若需分析多
个群体,可“npops=2”(实例显示为“2”);
c.第3行根据标记数自行调整;
d.第5行“pop”和“=”中间需一个空格。
数据输入完成后,另存为“文本文件(制表符分隔)(*.txt)”格式,如“Genotype.txt”。
打开CONVERT.exe,选“File-Load data file-CONVERT input data file format”,选取文件“Genotype.txt”,输出格式选择“POPGENE(*.dat)”
2.Popgen 32中标记特征分析
Popgen 32中选“File-Load Data-Co-dominant Marker Data”(所用标记为工显性);
找到转换后的dat文件,打开;
选“Co-Dominant-Diploid data”弹出对话框中根据所需进行勾选,常用的如下:
弹出对话框,点“是/是/OK”,结果见右上图。
3 数据导出
可以将分析结果导出为WORD格式
各位点分析的HW平衡P值需手动记录;
有效等位基因数(ne)和观测/期望杂合度(Ho/He)可直接复制于Excel中操作。